期货套利风险相对单向投机而言明显要小得多，但这绝不意味着它没有风险，有时候套利单的风险甚至比单边投机单的风险更大。由于期货合约具有交割月到期交割特点，使得一般投资者不能持仓到交割月份，那么价差的回归有可能是步入了交割月份才出现，这样，价差回归的利润普通投资者是无法得到的。
另外，期货资金管理也是很重要的，盲目地重仓进行套利，在临近交割月份前的“提保”过程中，套利头寸可能会被迫减仓。在出现极端的涨跌停板或面临长假时期，交易所和期货公司都会提保，那么已经重仓的套利单，将面临被“强平”或追加资金的风险。若套利的“两腿”属于不同品种，还得防范因极端行情造成涨跌停板而导致保证金水平以及扩板幅度不同所带来的风险。
比如螺纹钢和铁矿石之间的套利，螺纹钢处上海期货交易所，其第一个涨跌停板幅度为4%(随后第二、三个涨跌停板幅度分别为7%、9%);而铁矿石处大连商品期货交易所，其第一个涨跌停板幅度为4%(随后第二、三个涨跌停板幅度分别为6%、8%)。两个品种在达到第一个涨跌停板后，第二个甚至第三个涨跌停板的相关交易制度(如保证金比例、涨跌停板扩大后的新幅度、强行减仓平仓制度、是否暂停交易一日等)是有差异的，这些因素都可能给套利头寸带来巨大风险。那么，套利操作前就应该考虑到这样的极端因素，并能有一套有效防范或降低风险的应对办法。
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